文章解读 | RNA-seq又发文章啦!!哪有那么难嘛~

来源: 发表日期:2018-10-19 浏览量:331

好多小科研表示,RNA-seq发文章越来越难了,或者是找到很多差异表达基因却不知哪些是目标基因,又或者富集到的通路多种多样却无法拿出手。然而近期康普森生物的客户吉林农科院畜牧科学分院于永生老师发表的RNA-seq文章让我们有一种打脸的感觉,不要再纠结了,赶快看看人家是怎么做的吧~

牛肉因富含高蛋白、人体必需氨基酸、微量元素、维生素等而倍受人们欢迎,其脂肪含量与牛肉的品质特点紧密相关,也是动物体的主要能量储藏物质,在动物新陈代谢与调控肉质脂肪沉积过程中起到了重要作用。之前有研究报道HTR2A表达能够促进牛体内油脂的聚集,缓解脂肪的降解,但是关于其在牛脂肪分化过程中起到的介导作用并没有相关报道。

 

为了寻找脂肪分化过程中的差异表达基因及分析HTR2A在脂肪分化过程中起到的重要作用,作者利用高通量RNA-seq技术进行研究,作者在International Journal of Molecular Sciences发表了题为“RNA-seq Analysis Reveals a Positive Role of HTR2A in Adipogenesis in Yan Yellow Cattle”的文章,对脂肪分化过程中的重要机制做了详细的研究。

Step 2 差异表达基因分析

RNA-seq结果显示,Day-0与Day-4共有2510个差异表达基因,包括1277个上调基因与1233个下调表达的基因,Day-4与Day-9共有2446个差异表达基因,包括811个上调表达的基因与1635个下调表达的基因,并得到有237个基因在两个阶段均差异表达。并利用RT-qPCR对检测到的成倍数差异表达的基因进行了验证。

Step 3差异表达基因的功能富集分析

GO富集分析将差异表达基因注释到三大功能类分子功能(MF)、细胞组分(CC)、生物过程(BP)中,并分析了三类参与基因最多的功能,KEGG分析将两千多差异基因富集到了300左右的通路中,其中含较多差异基因的PI3K-Akt信号途径是之前报道过的与脂肪分化相关的通路。

Step 4 HTR2A在脂肪分化过程中作用

经过RNA-seq分析发现HTR2A在Day-4与Day-9过程中上调表达,结合前人得出HTR2A的表达可促进油脂聚集,本研究专门对该基因进行了功能分析。利用siRNA敲除技术及超表达技术,将该基因转染前体脂肪细胞,观察其脂肪分化情况,经验证发现over-HTR2A相对于对照可增加后期脂肪的含量,而siRNA-HTR2A减少了后期脂肪含量。同时,脂肪分化相关的转录因子C/EBPα 与PPARγ表达也受到了over-HTR2A与siRNA-HTR2A的影响。

Step 5  

通过PI3K-Akt信号通路调控脂肪形成

为了证明HTR2与脂肪分化重要通路PI3K-Akt的关系,检测了转染over-HTR2A与siRNA-HTR2A后前体脂肪细胞中phospho-AKT的蛋白水平,结果得出转染over-HTR2A的细胞中Akt信号会增加,而转染siRNA-HTR2A的细胞中Akt信号减弱,证明HTR2是通过PI3K-Akt信号通路来调控脂肪的形成。


不难看出本研究成功的基础之一在于RNA-seq结果的准确与可靠。只有前期检测准确,后期验证的成功率便会增加。该检测是由北京康普森生物技术有限公司完成,多年来康普森生物一直致力于专业的基因组与转录组检测服务,并为客户提供全方位分析及验证服务,欢迎大家咨询!


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