一招轻松完成SNP位点分类作图

来源: 发表日期:2018-01-08 浏览量:2254

一招轻松完成SNP位点分类作图 

很多老师在拿到SNP的分型结果时,对于众多的AA,AB,BB字母标识的分型结果表示无所适从,尤其是有亲缘关系的样本数据结果,老师很希望直观看到不同子代样本的SNP分型纯合或杂合情况,便于直观的从中发掘到更多有意义的信息。所以,小编就教大家如何把单一的分型字母标识的结果稍作包装,转成辨识度较高的色彩展示结果的方法----用excel就可以轻松实现SNP位点分类作图。

 

开讲!

需要准备的文件:

1)SNP位点分型结果文件:比如AA,AB,BB形式的分型结果文件,此形式文件可以直接从Illumina公司的官方软件GenomeStudio中直接导出。

2)Excel软件

步骤展示:

1、首先将分型结果导入到excel(以2016版为示例)中,其中每一行为一个SNP位点,每一列为一个样本,结果如下:

 


2、选中数据,在开始菜单中找-条件格式


 

3、在条件格式中我们找到突出显示单元格规则-等于

4、为等于以下值得单元格设置格式

输入:AA(以AA为例)

颜色设置 自定义格式—单元格样式-颜色-浅红色填充深红色文本 -确定

5、此时我们会看到符合条件的分型AA都用浅红色来突出显示了。

依次类推,分别对AB,和BB,NC重复以上步骤,一张炫目的SNP位点分类图就这么轻松完成了。

请看最终版的成果展示:

当然条件格式里面还有数据条,色阶等功能可以使结果展示的更加直观与丰富多彩,这里就不一 一展示结果,如果感兴趣,就赶快行动起来,动手制作属于你自己SNP位点分类图吧。




 

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