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基因组重测序
低深度重测序
低深度重测序
简要概述

全基因组低深度重测序（Low coverage WGS，LcWGS）指的是利用较低深度（~1×）的重测序数据进行遗传变异分型，之后通过基因型填充，将低密度数据填充为高密度基因型数据。LcWGS 无需系统开发，测序成本低，能够获取全基因组遗传变异，更有利于大规模样本的性状定位及 GS 育种应用。

应用场景
01. 性状定位
动植物全基因组关联分析
02. 遗传评估
动植物全基因组选择育种
技术优势
  • 变异信息
    丰富

    可获得全基因组的遗传变异

  • 高性价比

    以极低的测序成本低，获得高密度的标记，检测效率高

  • 大群体
    样本检测

    适用于大群体的基因型检测及研究

  • 分型
    准确性高

    基于填充算法，分型准确率可达98%

技术流程
优秀案例
低深度重测序--猪胴体分割性状及形态性状的遗传解析与基因组预测
本研究测定了长白、大白、长大二元以及杜长大三元猪4个群体的2,012头猪的17个分割肉性状和14个胴体性状。使用单倍型GWAS分析和基于基因型填充数据的GWAS分析分别鉴定到14个和112个与胴体分割性状极显著相关的QTLs。利用“中芯一号”芯片检测数据和基因型填充数据对这四个不同群体的分割肉性状和胴体性状进行全基因组选择研究。比较不同基因型数据、不同群体、以及不同预测模型对基因组预测准确性的影响。

图1 GWAS性状定位及GS结果比较

参考文献
Xie, L., Qin, J., Rao, L., Cui, D., Tang, X., Chen, L., Xiao, S., Zhang, Z., & Huang, L. (2023). Genetic dissection and genomic prediction for pork cuts and carcass morphology traits in pig. Journal of animal science and biotechnology, 14(1), 116.
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