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全基因组关联分析（GWAS 分析）
全基因组关联分析（GWAS 分析）
简要概述

全基因组关联分析（Genome-wide association study，GWAS）是一种在全基因组范围内寻找与特定性状或疾病相关的遗传变异的分析方法，可直接鉴定出与表型变异显著相关且具有特定功能的基因位点或标记位点，是重要性状调控基因挖掘研究的常用解决方案。

应用场景
01. 复杂性状解析
广泛应用于揭示复杂农艺性状的遗传基础，协助研究者深入理解性状形成机理。
02. 分子育种
辅助分子标记辅助选择和基因组选择，使育种过程更加高效和精确。
03. 疾病抗性研究
GWAS对于发现与植物病害抗性相关的基因至关重要。

技术优势
  • 无需构建专门遗传群体

    无需专门构建遗传分离群体，简化了研究流程，节省了时间和资源。

  • 多性状定位能力

    能够同时满足多性状定位的需求，对于复杂性状的分析具有显著优势。

  • 高分辨率关联分析

    可以进行高分辨率的关联分析，甚至能直接关联到基因。

  • 多种关联分析模型

    可以根据研究需求选择最合适的模型进行分析，从而提供更加个性化的分析结果。

技术流程
优秀案例
花生（Arachis hypogaea L.）是一种重要的食用油和食用性豆类作物。该研究报道了390份花生种质的全基因组变异图谱，表明花生可能是分别传入中国南方和北方，形成两个栽培中心。选择信号分析强调了花生改良过程中两个亚基因组之间的不对称选择。一个来自中国南方的经典家系为研究人工选择对花生基因组的影响提供了背景。
GWAS分析确定了22 309个与28个农艺性状的显著关联的位点，包括植物结构和油生物合成的候选基因。该研究揭示了中国花生的迁移和多样性，并为花生改良提供了有价值的基因组资源。
参考文献
Lu Q, Huang L, Liu H, et al. A genomic variation map provides insights into peanut diversity in China and associations with 28 agronomic traits. Nat Genet. 2024;56(3):530-540. doi:10.1038/s41588-024-01660-7
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